Единоличным исполнительным органом является директор, назначаемый учредителем организации.
В ООО «Учебный центр ПрофЭкспресс» создано два подразделения: Администрация и Учебная часть.
Администрация занимается основным видом деятельности предприятия — оказанием бухгалтерских услуг населению и предприятиям города и района, а также осуществляет руководство ООО «УЦ ПрофЭкспресс».
Учебная часть — это специализированное структурное образовательное подразделение ООО «УЦ ПрофЭкспресс», которое занимается непосредственно оказанием платных образовательных услуг.